顕本法華宗の総本山で開祖は日什大正師。日什上人は後円融天皇から二位僧都の位と「洛中弘法の綸旨」を賜り、康応元年(1389)に当山を創建しました。
妙満寺には紀州道成寺の安珍・清姫伝説ゆかりの釣鐘が納められており、本坊には俳諧の祖・松永貞徳造営の「雪の庭」を有します。境内にはインド・ブッダガヤの仏塔を模した仏舎利大塔がそびえ、本堂からは壮大な比叡連山を一望することができます。また、四季折々の景色が豊かで、特に桜園の枝垂れ桜（４月上旬）と躑躅（５月上旬）が有名です。

妙満寺を創建した日什大正師は、もと天台宗の僧で名を玄妙といい、比叡山三千の学頭にまでなった人ですが、67才という高齢で宗を改め日蓮聖人門下に入りました。
日什上人は日蓮聖人の遺志である帝都弘通を守り、時の帝であった後円融天皇に上奏。二位僧都の位と「洛中弘法の論旨」を賜り、康応元年（1389）に六条坊門室町（現在の烏丸五条あたり）に妙塔山妙満寺を建立し、根本道場としました。
妙満寺はその後、応仁の乱など幾度かの兵火に遭い、その都度洛中に寺域を移し興隆してきましたが、天正11年(1583)秀吉の時代に寺町二条に移され、それから400年にわたり「寺町二条の妙満寺」として親しまれてきました。その後、都市化が進み日毎に増す喧騒と環境悪化を避けるため、昭和43年（1968）に「昭和の大遷堂」を行い、現在の岩倉の地に移りました。