若狭一の宮の神願寺として成立、縁起によれば元正天皇の勅命により和銅７年(714)泰澄大師の弟子である沙門滑元の創建と伝えられる天台宗の古刹です。
毎年３月２日に行われる、奈良・東大寺二月堂への「お水送り」神事が有名。

若狭の小浜にある神宮寺は元明天皇の和銅7年の創建とされ、寺伝によると遠敷明神（若狭彦命）の直孫和朝赤麿公が 金鈴を長尾明神と祀り鈴応山神願寺を創建しました。翌年勅願寺となったことに始まるといわれており、さらに、若狭彦姫神 を根来白石より迎え神仏両道の寺としました。鎌倉時代に神願寺は遠敷明神上社（若狭彦）と遠敷明神下社（若狭姫）の 別当寺となり、神宮寺と改称したとされています。
根来白石の神童が長じて東大寺開山堂の良弁僧正になった繋がりから、奈良二月堂のお水取り行法の水は若狭井（東大寺）の水が 使われており、この水は神宮寺の閼伽井戸（あかいど）の水を3月2日に遠敷川（おにゅうかわ）の鵜之瀬へ流すこと（水送り）で 3月12日に到達するといわれています。
明治4年の国家神道により若狭彦神社は国幣社となり、境内にあった遠敷明神社は神仏分離令により取り壊されます。しかし、 現在の本堂の内陣には、中央正面と左側は須弥檀になり薬師如来を本尊として仏像が並んでおり、右側は壁面で、 この壁面は勧請座（影向座）といわれ神号掛軸３福が掛かっています。神仏分離令をいかにして潜り抜けたのでしょうか。
この本堂は重要文化財で、天文22年に朝倉義景が再興したといわれている室町時代の堂々たる大建築で、和様を主体に 木鼻に天竺様繰形、唐様束梁などの珍しい技法を用いています。 本堂内で二拍一礼でお参りするのは、当寺だけとのこと。本堂入口には”しめ縄”が張ってあります。